Pesantren Kakao memiliki tujuan untuk mengembangkan model pembinaan kakao, agar dapat berkembang dengan cakupan yang lebih luas, sebagai implementasi dari Program Jatim Agro gagasan Gubernur Jawa Timur Ibu Khofifah Indar Parawansa dengan jargon: Tanam – Petik – Olah – Kemas - Jual. Program inovasi Pesantren Kakao dilaksanakan dengan keberpihakan Dinas Perkebunan Provinsi Jawa Timur pada petani kakao untuk dapat meningkatkan kesejahteraan Masyarakat khususnya petani kakao, yang diwujudkan dalam 3 hal: pertama, peningkatan kemampuan SDM dan kerjasama kelembagaan; kedua fasilitasi sarana dan prasarana untuk berusaha; dan yang ketiga fasilitasi modal usaha dari anggaran APBD atau Dana Dagulir melalui Bank Jatim atau Bank UMKM dengan bunga rendah 6% per tahun. Melalui intervensi kebijakan pemerintah tersebut, Kelompok tani kakao mampu menghasilkan produk hilir kakao, sehingga diperoleh nilai tambah yang signifikan.

Dampak perubahan yang terjadi setelah adanya program inovasi Pesantren Kakao diantaranya adalah pada aspek on farm. Pada tahun 2022 di Kabupaten Mojokerto telah memiliki perkebunan rakyat Kakao dengan luas areal hingga 289 Ha dengan produksi 102 ton/tahun, dimana sebelumnya pada tahun 2013 belum ada pengembangan komoditas kakao di Kabupaten Mojokerto. Sedangkan pada aspek pengolahan, saat ini kelompoktani Mulyo Jati dapat memproduksi Kakao Bubuk (24 ton/tahun), Lemak Kakao (31,42 ton/tahun), Cokelat Candy (39,34 ton/tahun) dan Cokelat Bubuk (54,69 ton/tahun). Dari aspek Pemasaran, terjadi jejaring pasar yang antar Poktan dan APKAI DPW Kabupaten yang dikoordinasi oleh APKAI DPW Jawa Timur, selain itu harga kakao juga meningkat bagi petani, serta adanya pengolahan yang dilakukan petani sehingga bisa menghasilkan produk fermented kakao. Jejaring pasar terus diperluas melalui kerjasama dengan beberapa hotel untuk dapat memenuhi kebutuhan snack dan minuman di kamar hotel.

Inovasi Pesantren Kakao yang dilaksanakan di kelompoktani Mulyo Jati memiliki potensi untuk dilakukan pengembangan. Potensi tersebut dapat dilihat dari peningkatan luas areal tanama kakao di Kabupaten Mojokerto. Hal tersebut menunjukkan bahwa ketertarikan pekebun di Kabupaten Mojokerto dalam menanam kakao yang juga didukung oleh Dinas Perkebunan Provinsi Jawa Timur dengan melakukan pembinaan dan kegiatan intensifikasi tanaman kakao. Dalam hal proses olah biji kakao menjadi produk tengah atau produk akhir bisa dikembangkan dikelompok lain, jika masih belum menemukan pasar, kelompoktani akan bertindak sebagai Bapak Angkat, menampung dan menjualkan produk atau pemasaran bersama. Sementara untuk mendorong pekebun untuk melakukan olah biji kakao dengan melakukan fermentasi sudah dilakukan dengan Asosiasi Petani Kakao di beberapa daerah seperti Malang, Pacitan, Madiun, Ngawi. Pengembangan tanaman pola kerjasama dengan dengan NU atau Pesantren, sudah dikembangkan di daerah lain dalam konteks komoditi kopi, yakni di Jember, Pasuruan dan Tulungagung. Perkembangan Poktan Mulyo Jati juga menjadi perhatian dan telah sering dijadikan contoh untuk melakukan adopsi teknologi dari segi hulu hingga hilir oleh berbagai pihak dari dalam Jawa Timur maupun luar Jawa Timur.